BCC popiera wszelkie działania służące ograniczaniu szarej strefy, jednak nie mogą one dezorganizować działań przedsiębiorstw, które powinny mieć zapewniony odpowiedni czas na ich wdrożenie. Dlatego wskazane byłoby, aby w początkowym okresie stosowania JPK, nie karano za popełnienie błędów mniejszej wagi, co pozwoliłby firmom spokojnie wprowadzić to rozwiązanie.
Zgodnie z dodanym do Ordynacji podatkowej art. 193a § 1, w przypadku prowadzenia ksiąg podatkowych przy użyciu programów komputerowych, organ podatkowy może żądać przekazania całości lub części tych ksiąg oraz dowodów księgowych za pomocą środków komunikacji elektronicznej lub na informatycznych nośnikach danych, w postaci elektronicznej odpowiadającej określonej strukturze logicznej, wskazując rodzaj ksiąg podatkowych oraz okres, którego dotyczą.
Przekazywanie ksiąg podatkowych oraz dowodów księgowych w postaci elektronicznej będzie obowiązkiem „dużych”’ przedsiębiorców (tj. przedsiębiorców innych niż średni i mali w rozumieniu ustawy o swobodzie działalności gospodarczej). Pozostali przedsiębiorcy w okresie przejściowym – od 1 lipca 2016 r. do 30 czerwca 2018 r. – będą uprawnieni, ale nie obowiązani do przekazywania organom podatkowym danych w postaci elektronicznej (powyższe nie dotyczy rejestrów sprzedaży i zakupu VAT – te dokumenty średni przedsiębiorcy będą obowiązani przesyłać w formacie JPK od 1 stycznia 2017 r., natomiast mali i mikroprzedsiębiorcy – od 1 stycznia 2018 r.).
Wprowadzenie obowiązku raportowania w formie JPK ma na celu usprawnienie procesu kontroli podatkowej. Organ podatkowy (względnie organ kontroli skarbowej) będzie mógł identyfikować obszary kontroli jeszcze przed formalnym wszczęciem postępowania. Podobne obowiązki wprowadzano już w kilku innych europejskich państwach. Tak więc, polskie rozwiązania nie są pierwszymi tego rodzaju. Co więcej, stanowią one implementację wytycznych OECD i są przejawem szerszego trendu w Europie. W konsekwencji, w szerszej perspektywie, ustanowienie nowych wymogów można uznać za celowe i uzasadnione.
Trzeba jednakże podkreślić, że wprowadzenie JPK wiąże się z daleko idącą zmianą dla podatników. Przedsiębiorcy muszą liczyć się ze znacznymi obciążeniami. Raportowanie w formie JPK jest bowiem, pod niektórymi względami, bardziej skomplikowane od rozwiązań obecnie przyjętych w systemach księgowych. Co więcej, polskie regulacje prawne przyjmują szerszy zakres raportowania od tego jaki jest przyjętych w innych krajach. Niektóre dane (część informacji z faktur; data wpływu faktury), które obecnie nie są wprowadzane przez przedsiębiorców do systemów księgowych, będą musiały być ujmowane w JPK.
Możliwość wykonania obowiązku nałożonego przepisem Ordynacji podatkowej uzależniona jest od stworzenia funkcjonalnych rozwiązań informatycznych, które dotychczas nie były oferowane na rynku. Doświadczenie wskazuje, że stworzenie, przetestowanie, a następnie efektywne wdrożenie takich rozwiązań wymaga znacznego czasu (przykład: szereg trwających całe lata wdrożeń w sferze administracji publicznej). Co istotne, polscy informatycy nie mogą, ze względu na specyfikę polskich regulacji (wyjątkowo szeroki zakres raportowania), w pełni korzystać z doświadczeń zdobytych przez specjalistów w innych krajach. Ich praca ma więc w pewnym stopniu charakter nowatorski.
W analizowanym zakresie możliwość podjęcia efektywnych prac informatycznych uzależniona była od uprzedniego wykonania ustawowych obowiązków przez Ministerstwo Finansów. Należy przypomnieć, że art. 193a § 2 Ordynacji podatkowej nakłada na ministra finansów obowiązek opublikowania struktury logicznej postaci elektronicznej ksiąg podatkowych oraz dowodów źródłowych, które mają być przekazywane organom podatkowym. Kolejny przepis ustawy (art. 193a § 3 Ordynacji podatkowej) zobowiązuje z kolei ministra finansów do określenia, w drodze rozporządzenia, sposobu przesyłania ksiąg podatkowych, części tych ksiąg oraz dowodów księgowych w postaci elektronicznej oraz wymagań technicznych dla informatycznych nośników danych, na których mogą być zapisane i przekazywane. Ustawa nakładająca na ministra finansów powyższe obowiązki została uchwalona 10 września 2015 r., a ogłoszona w Dzienniku Ustaw 20 października 2015 r. Od początku przewidywała konkretne i krótkie terminy na dostosowanie się przez przedsiębiorców do jej wymagań. Od początku jasne również było, że stworzenie rozwiązań informatycznych, z których będą mogli korzystać przedsiębiorcy wymaga znajomości wymaganych struktur logicznych oraz sposobu przekazywania danych.
Pomimo to, struktury logiczne postaci elektronicznej ksiąg i dowodów księgowych zostały opublikowane na stronie internetowej Ministerstwa Finansów dopiero 9 marca 2016 r. (wcześniej publikowane były wersje robocze, projektowe). Oznacza to, że czas na przygotowanie, przetestowanie oraz pełne wdrożenie rozwiązań informatycznych skrócono przedsiębiorcom o kilka miesięcy. Co więcej, rozporządzenie regulujące sposób przesyłania ksiąg w postaci elektronicznej oraz wymagania techniczne nadal nie zostało wydane, a projekt tego aktu prawnego nosi datę 14 marca 2016 r. 
Z punktu widzenia przedsiębiorcy:
Uwzględniając powyższe uwarunkowania, a także zakres prac informatycznych jakie są konieczne dla wdrożenia oprogramowania generującego jednolite pliki kontrolne u przedsiębiorców należy stwierdzić, że oczekiwanie od przedsiębiorców wykonania nałożonych na nich obowiązków w terminie od 1 lipca 2016 r. jest nieusprawiedliwione.
Spełnienie wymogów do raportowania w formie JPK jest jak najbardziej możliwe, jednakże w wielu przypadkach wymaga dłuższego czasu niż nałożony ustawą. Firmy opracowujące oprogramowanie księgowe pracują intensywnie nad dostosowaniem swoich systemów do nowych wymagań. Jednakże rozwiązania te nie będą na dzień 1 lipca 2016 r. w dostatecznym stopniu przetestowane. Ponadto, z sygnałów płynących od przedsiębiorców wynika, że nie we wszystkich przypadkach dojdzie we właściwym czasie do pełnego przygotowania organizacyjnego.
Wskazany byłby więc okres przejściowy, w którym nie karano by za popełnienie błędów mniejszej wagi, co pozwoliłby firmom spokojnie wdrożyć JPK. Zalecanym byłoby także utworzenie przez Ministerstwo Finansów testowego rozwiązania tzw. „bramki interfejsowej”. Dzięki niemu podatnicy mogliby sprawdzić (bez żadnych konsekwencji), czy zastosowana forma JPK w rzeczywistości odpowiada wymaganiom kreślonym w strukturach logicznych.
Dla przedsiębiorców podstawowym wyzwaniem jest powiązanie raportowania w ramach JPK z funkcjonującymi systemami księgowymi. Niezbędna jest ścisła współpraca z dostarczycielami tych systemów (wykupienie i wdrożenie nowelizacji oprogramowania, odpowiedniej „nakładki” na program). Szczególna rola przypada także komórkom informatycznym podatników. W najtrudniejszej sytuacji są bowiem Ci przedsiębiorcy, którzy pracują na kilku systemach księgowych, bądź którzy mają na tyle stare oprogramowanie, że jego dostawca nie przewiduje już żadnych aktualizacji. Wówczas bowiem należy zakupić niezależną usługę, gdzie firma informatyczna zapozna się z obecnym systemem/systemami i napisze spersonalizowany program dla przedsiębiorcy.
Warto, aby przedsiębiorcy zastanowili się także nad wprowadzeniem wewnętrznych procedur kontroli JPK (a dokładnie danych przesyłanych za jego pomocą). Podatnicy muszą być stale gotowi na przekazanie plików kontrolnych. Tym samym wskazane jest ich sprawdzanie przed żądaniem przekazania przez organ podatkowy. Taka samokontrola powinna odbywać się zarówno pod kątem formalnym, jak i merytorycznym. Od 1 lipca 2016 r. tzw. duzi przedsiębiorcy, będą obligatoryjnie przesyłać organom podatkowym rejestry sprzedaży i zakupów VAT. Muszą zatem mieć pewność, że dane w nich ujęte są zgodne z ustawą o podatku od towarów i usług (w zakresie zastosowanej stawki podatku, momentu powstania obowiązku podatkowego czy też dokonanego momentu i zakresu odliczenia).